儘管有人道教學的傳統存在，大部分教學用的動物實驗都是傷害性的，包含解剖實習，外科手術練習，生理及藥理學實驗。傷害性動物利用在許多面向上都有可批判之處：

 

動物受苦以及生態系統受干擾

        首先，不論是限制動物的正常行為、讓動物感到疼痛或甚至死亡，都是動物痛苦的來源。他們受盡折磨，不管在被捕獲與運送途中，或是在牢籠中生活及被繁殖，甚至被活體解剖或送去做各種實驗。在某些國家會為了教學用途而將蛙、鯊魚和烏龜從他們的棲地捕走，這樣的行為會減少這些動物的野生族群數量而危及生態平衡。

一堂約定俗成的道德課

        艾德菲大學(Adelphi University)的生物學教授喬治‧羅素(George Russel)形容，普遍避免討論動物利用及替代方案涉及的道德議題等同於一堂約定俗成的道德課：道德上的顧慮並不重要。這隱藏的課程教導學生生命是廉價的，而動物可視作一種拋棄式的工具。當科學自視為一個無關乎道德倫理的存在，或釋放出這樣的訊息，那對科學本身或社會來說都會有非常嚴重的後果。

違反公民自由

        許多學生無法選擇是否在實作課程時進行傷害性動物利用，也沒有正當的權力拒絕。動物實驗替代方案通常不被提供，而無疑的有些學生因為預期參與強制的傷害性動物利用，而不進入生命科學領域就讀。有些進入該領域的學生一直到最後一刻才知道在等待著他們的是什麼，許多學生則因為學術上的懲罰或心理上的苦難，被迫改選別門課或休學。這種歧視違反了學生的公民自由：所有學生都應有權利去拒絕傷害性動物利用和使用經證實具有教育功能的動物實驗替代方案。

科學領域的人才損失

       學生因為傷害性動物利用而不選擇或不持續研讀生命科學將造成科學專業上極大的損失。準備好做謹慎思考的人、熟知動物實驗替代方案及其效用的人，以及還未喪失對生命的尊重的人，這些人都是好的科學家，而排斥好的科學家對於整體科學領域而言是件壞事，尤其會影響人道研究方法的開發。這也會造成對年輕女性的排斥因而加深科學領域裡性別的隔閡，因為能感受並尊重動物的通常(但不僅限於)是女性，而她們無法自適於現有的實驗體制。

      「當我在念書時我並不確定我是否要成為一位獸醫。因為若我被迫要做那些不值得的動物實驗，我就會因此卻步。我認為若你做了動物實驗，你就會開始對動物漠不關心，而後甚至延伸到人類身上。因此我認為做動物實驗是一件有害的事情，因為你沒有如你應該的去尊重動物。」荷蘭澤沃德的坦尼基‧柯尼 (Tannetje Koning)獸醫師說道。

使人麻木不仁

       一項最近發表在獸醫學紀錄期刊(Veterinary Record)的研究顯示，獸醫系的學生在受教育的過程中的確變得比較麻木不仁，而這無疑是傷害性動物利用造成的。學生這樣的改變對其個人與社會全體來說都會有嚴重的後果。澳洲籍的獸醫系學生安德魯‧奈特寫道：

     「在實驗的最後，學生在綿羊尚未恢復知覺的情況下以用藥過量將其殺死。學生被要求剖開綿羊的胸腔，以確保綿羊死亡。此步驟聲稱是為了讓學生對他們照顧的動物有責任感，而且教授堅持這不會讓學生變得麻木不仁。而當其中一個學生把手放進綿羊的胸腔後，興奮的發現她可以摸到動物死亡當下的心臟停止的過程，這就說明了以上聲稱是多麼的諷刺。」

       就生物上的論點，喬治‧羅素(George Russell)在1972年的美國生物導師期刊(the American Biology Teacher)裡寫道:

    「這樣的實驗會對一個人的感受能力造成系統性和漸進性的損害，並對人格個性造成改變－在我看來，甚至不用經過心理學和精神病學的正式訓練就可以發現這些改變。難道，在生物教學裡試著喚醒我們對生命的尊重並愛惜、仰慕萬物是一件過份的事情嗎？」

不良學習環境

       另一個批評則是關於教學和學習經驗。許多學生抱怨在動物實驗實作課程中獲益甚少，毫無用處，讓他們只想趕快結束實驗。這樣和道德衝突相關的壓力造成了糟糕的學習環境。相對之下，在大約三十份已發表的學術研究中顯示，相較於使用傳統動物實驗的學生，使用動物實驗替代方案的學生的學術表現一樣良好，甚至在某些個案中更加卓越。InterNICHE的前顧問，生物學家強納森‧貝坎伯(Jonathan Balcombe)博士曾撰文統整這些研究的發現。在教育的品質與深度方面，傷害性動物實驗的成效極為有限。

不必要

      大部分生命科學領域的學生在他們的未來職業生涯中從未使用動物，這顯示現行使用動物實驗的做法和學生未來需求的相關性是令人存疑的。對那些未來會使用到動物的學生，例如獸醫和一些生物學家，世界各地的使用動物實驗替代方案的課程的存在，已足以證明舊的方式不再是必要的。

     「我創建了一個能夠好好傳授生理學知識和經驗的課程，並且不使用動物實驗。對我來說不使用動物實驗的課程才是準則，因為這是不必要的。有很多方法可以展示生理學原理而不必用到動物實驗。」瑞典烏普薩拉大學(University of Uppsala)的動物生理學系教授克絲汀‧林德荷姆‧克斯理(Kerstin Lindholm-Kiessling)說道。

       學生們已經在沒有參與過傷害性動物利用的狀態下畢業，而且可能對他們要進入的專業領域有更好的準備。

經濟實惠性？

        美國人道協會以及其他團體的研究顯示，動物實驗替代方案相較於進行實體解剖，在費用考量上具有可觀的優勢。若該單位沒有現有的硬體，使用電腦的動物實驗替代方案一開始需要高額投資，但該支出可隨著時間攤平。購置軟體則一定比定期購買並飼養動物的花費少很多。投資先進的動物實驗替代方案在教育上的好處十分明顯，許多附加好處也將隨之而來，例如減低師生衝突、增加電腦使用能力以及提升機構形象。

違反立法精神

        第123號歐洲公約(The European Convention 123)聲明，大學基礎教育應完全避免動物利用。歐洲準則 86/609(The European Directive 86/609) 載明，只要有可行的動物實驗替代方案就應該要採用，不過該法條的指涉範圍沒有包括教育用途。許多國家法律同樣宣告應盡可能的使用動物實驗替代方案，而且也有國際和國家的法律和公約反對差別待遇。有些國家明文禁止某些層級的教育部門使用動物，以及有法律規章去保護良心自由和良心反對的權利。越來越多的機構將學生自決政策(Student Choice Policies)併入規章，並提供優質的動物實驗替代方案給良心反對的學生，然而有些機構已完全取代傷害性動物利用。