Nodus (Узел)

Producer: De Schutter, Prof. Erik

Программа Узел является удобным в пользовании пакетом программ, разработанным для моделирования электрического поведения нейронов и малых сетей на компьютерах Macintosh. Программа поддерживает любой формат, используя алгоритмы типа Ходжкина-Хаксли для задаваемых пользователем свойств проводимости в моделях возбудимых мембран. Программа Узел сочетает в себе мощные средства моделирования с управлением сложной базой данных для моделей. Модели задаются в отдельных файлах: файлах, определяющих проводимость; файлах, определяющих нейроны; и файлах, определяющих сети. Для моделирования в распоряжении имеются два метода интеграции: точный метод Фельберга (5-й порядок Рунге-Кутта) и ускоренный метод Эйлера – оба с переменными временными шагами. Во время моделирования пользователь может манипулировать значением любого моделируемого параметра в базе данных. Предусмотрено графическое и/или текстовое выведение результатов на диск – всех мембранных потенциалов, ионных и синаптических проводимостей и токов, факторов инактивации проводимости и временных констант, высвобождения медиатора, концентраций, а также инъецированных токов и токов при фиксации напряжения. На 4 оси могут наноситься данные о 24 переменных. Возможно измерение на экране вычерчиваемых результатов. Токи (постоянный, с повторяющими импульсами, пилообразный, синусоидальный, шумовой, взятый из текстового файла) может вводиться в любую часть модели. Можно использовать метод фиксации напряжения на двух нейронах одновременно с наложением линий графиков. Сети являются «жестко фиксированными», с возможностью соединения до 200 нейронов и максимум до 60 синаптических соединений с задержкой, а также до 20 электрических соединений для каждого нейрона. Нейроны могут иметь до 4000 отделов. При максимальном количестве соединений до 6 на каждый отдел (отдел сомы: 24 соединения), предусмотрен автоматический контроль последовательности соединений. Отделы могут разделяться или сплавляться вручную или автоматически для поддержания их электротонической длины в пределах, заданных пользователем. Проводимости могут быть заданы с помощью стандартного уравнения Ходжкина-Хаксли, или любого типа уравнений, который может использоваться для создания файла параметров внешней проводимости (либо фактора активации и тау, либо альфы и беты). Проводимости могут быть кальций-зависимыми.

Details:

Год выпуска: 1999 для настоящей версии (v3.2)
Носитель: загружается по ссылке
http://www.bbf.uia.ac.be/SOFT/NODUS_load.html
Требования к системе: Macintosh OS 7-9. Nodus 3.2 выпускается в трех версиях. Большинство пользователей предпочитают PowerMac версию Nodus 3.2P. Более ранние версии (Стандартная версия Nodus 3.2 , которая работает на Mac с центральным процессором (CPU) 68020/30/40 и встроенным процессором (FPU), а также Quadra версия Nodus 3.2Q, которая работает на Macs с центральным процессором (CPU) 68040 предоставлены для совместимости с предыдущими системами. Кроме того, в комплект входит подробное руководство пользователя
Цена: бесплатно
Примечания: автор не планирует дальнейшее обновление или отладку программы, но так как многие пользователи все еще находят эту программу полезным ресурсом, программа все еще распространяется. При любых публикациях и работах, в которых используется бесплатная копия программы Nodus, пожалуйста, ссылайтесь на источник “De Schutter E.: Computer software for development and simulation of compartmental models of neurons. Computers in Biology and Medicine 19: 71-81 (1989)”
 




Go back to list